Đường Đại lộ Tràng An xuyên ngang Công viên văn hóa Tràng An cùng với các tuyến đường vuông góc lần lượt là quốc lộ 1A cũ (Trần Hưng Đạo), Lê Thái Tổ, Lê Thái Tông, quốc lộ 1A mới (Nguyễn Minh Không) chia công viên Tràng An ra các khu vực sau: Khu đón tiếp, nhà điều hành, 3 khu công viên, khu vui chơi trẻ em, vườn bách thảo và 2 khu khách sạn 5 sao:

• Khu điều hành đón tiếp: nằm bên sông Tràng An, giữa quốc lộ 1A cũ và đường Lê Thái Tổ. Khu vực này gồm có nhà điều hành, nhà đón tiếp, bãi đỗ xe, cổng vào công viên đều gần và hướng ra núi Kỳ Lân.
• Khu vui chơi trẻ em: nằm giới hạn bởi 4 tuyến đường Lê Thái Tổ, Lê Thái Tông, Đinh Điền và Tràng An.
• Khu vườn bách thảo: nằm giới hạn bởi 4 tuyến đường Lê Thái Tổ, Lê Thái Tông, Xuân Thành và Tràng An.
• Công viên núi Dụ: nằm giới hạn bởi 4 tuyến đường Lê Thái Tổ, Lê Thái Tông, Đinh Điền và Nguyễn Bặc. Đây là khu công viên nhỏ nhất trong 3 khu công viên. Nằm tiếp giáp với khu vui chơi trung tâm.
• Công viên hồ Cá Voi: nằm tiếp giáp với đường Nguyễn Minh Không, Tràng An, Lê Thánh Tông và khu dân cư. Đây là khu vực có diện tích lớn nhất trong quần thể công viên văn hóa Tràng An với diện tích 85 ha trong đó diện tích mặt hồ là 60 ha, diện tích cây xanh 25 ha. Hồ Cá Voi là hồ nước lớn nhất ở thành phố Ninh Bình. Giữa hồ có đảo chùa Vàng và hòn núi Lớ.
• Công viên sông Tràng An: nằm bên bờ nam sông Tràng An, tiếp giáp với đường Xuân Thành, Lê Thái Tông và Nguyễn Minh Không với diện tích cây xanh 28 ha.
• Khu khách sạn cao cấp: nằm ở phía cuối của tổ hợp công viên. Gồm 2 khu ở hai bên sông Tràng An. Khu khác sạn cũng tiếp giáp với vùng núi đá phía Tây, quốc lộ 1A mới và sông Chanh.